Что нужно перенести из одного расширения в другое:
1. Из РС "Параметры учета по транспорту" - ДатаНачалаРучногоПроставленияМестУстановкиЗПЧ
2. Обработка.авСогласованиеЗаказНарядов - запрос динамического спика взять из второй конфигурации
3. Нужно, чтобы в этот список(пункт 2) выходили и НЕпроведенные заказ-наряды. Тут нужно что-то придумать: либо через параметры учета по транспорту(добавить булевый реквизит), либо еще как -то, т.к. нужна необходимость 
настраивать только проведенные документы.
4. Перенести механизм подстановки ВидРемонта в заказ-нарядах и все связанные с ним объекты:
- ЗаказНаряд - колонка ВидРемонта в табл.частях
- обработка авЗаполнениеВидаРемонтаВЗаказНарядах
- авНастройкиВидовРемонтовПоАвтогруппам
- авВидыРемонтовПоАвтогруппам
5. создать регл задание для запуска обработки авЗаполнениеВидаРемонтаВЗаказНарядах по расписанию