Там собственно 2 варианта
1) Восстановление последовательности (это вкратце)
2) Обходное решение, списывать суммы которые не выводятся в 0. Сталкивался с такой ситуацией, гемор еще тот.
База распределенная и тяжелая, участвует 4 подразделения. И интеграция с сайтом. В прошлый раз когда обновлялись прокляли все.
Допилов немного.
"проще всего будет...
Возможно бухгалтерия не совсем то решение 1С, которое нужно Вашему предприятию. Возможно Вам стоит рассмотреть решения УПП и ERP, где проработаны подсистемы расчетов с контрагентами.