Написать обработку по зачистке справочника «Подразделение» во всех документах и справочниках программы (всех местах использования) с целью отключения данной опции в 1С управление торговлей.
Подробнее>>
в УТ 11 , если отключена опция "подразделения " во всех документах указывается подразделение по умолчанию(предопределенное) . помечаете все подразделения кроме предопределенного на удаление, и при удалении "заменить во всех местах использования" заменяете на подразделения по умолчанию... вот ежи ли после этого УТ не даст отключить "подразделения" тогда и нужно будет посмотреть