И какой помощи вы ждете от 1С программистов в этом случае? Проблема серверная и не более.
Вы сами на свой вопрос или задачу озвучили решение:
Сергей
Проблема заключается в том, что на сервере для папки temp установлено ограничение по размеру поэтому в процессе выгрузки в определённый момент уже выгруженные файлы удаляются вместе с папкой и выгрузка останавливается с ошибкой записи на диск.
Выгрузите в другое место или снимите ограничение.