По перенесенным из КА 1 документам поступления не заполняется реквизит ВидЦенности.
А цена поставщика была зарегистрирована в регистре сведений: ЦеныНоменклатурыПоставщиков?
Я так понимаю Вы формируете документ "возврат товара" и не потягиваются центы поставщика.
Не забываете про направленный вид деятельности.