Здравствуйте...40 ой счёт там есть. Просто по умолчанию в КА2 не проставлены счета по документам - это нужно настраивать руками - там в администрировании всё есть.
Так же в списке Организации на закладке Учетная политика и налоги регистрируется действующая учетная политика, определяющая параметры налогообложения и оценки стоимости:
Там есть - вариант учета готовой продукции (использование плановой себестоимости выпуска для счета 40 «Выпуск продукции»);
Данная настройка доступна только для Производства версии 2.1, данное производство в ближайших релизах будет убрано. Для Производства 2.2 данной настройки нет и 1С не может точно сказать когда она появится.