Назаренко Сергей Васильевич
4) Вручную заполняется номенклатура и кол-во.
Это тоже вроде есть, и делать ничего не нужно.
5) Далее заполняется учетное кол-во товара....
Вот тут нужно сделать Вам возможность рассчитать учетные количества так, как Вы описали (с дополнением ТЧ номенклатурой, которая есть в остатках, но которую не указали в документе).
Так в обычном варианте вроде так и делается, только порядок наоборот. Заполняется учетное по остаткам, потом фактическое. А разве есть разница от изменения порядка?