Проверено на релизах 1.6.16.219 и 1.6.23.117 - ошибок нет, взаиморасчеты корректируются правильно.
Единственное, Вас могут смущать индикаторы состояния оплаты (например, в форме списка документа "Расходная накладная"). К сожалению, с ними через документ "Корректировка регистров" ничего поделать нельзя. Но непосредственно на взаиморасчеты это никак не влияет.
Для участия в обсуждении Вам необходимо авторизоваться либо зарегистрироваться