До этого на реальном регистраторе нормально закрывалось?
Значит, надо сравнить модули формирования документов "Отчет кассовой смены" в обеих обработках обслуживания и получить желаемый результат.
Почти уверен, что не устанавливаются т. н. ключи связей ;)