Главное при такой постановке задачи обмен с помощью собственной обработки прямого подключения к базе-источнику (УТ 10.3):
1. ПОЛНЫЙ КОНТРОЛЬ С ВОЗМОЖНОСТЬЮ ОТЛАДКИ И ОПЕРАТИВНОЙ ПРАВКИ БЕЗ ОСТАТНОВКИ РАБОТЫ ОБОИХ КОНФИГУРАЦИЙ. Главное тут программист не должен знать конвертацию данных и методику ее отладки. Правила обмен чрезвычайно сложны, а обработки можно предельно упростить. Поддержка возможна начинающим "специалистом".
2. Отсутствие промежуточных XML файлов большого размера: больше 2 Гб на старых версия винды неприменимо, да и 1С "умрет". А представьте что нужно стучаться по сети к УТ филиалов? Стандартный обмен при выборе опции прямого подключения к базе через OLE все равно создает временный XML-файл. Можете проверить.
Насчет отладки и доработки правил обмена:
Отладка и обновление правил обмена довольно проблематична. Целесообразна когда слишком много данных с табличными частями, подчиненными справочниками и прочим. Еще, если правила обмена сделаны на основе типовых правил или обмен по ним уже начат (внедрен) и настроен и нужно немного подправить или устранить сбой обмена или появившиеся ошибки при обновлении.
Также правила обмена выгодны когда из-за особенностей ведения учета приходится подправлять и там и там документы (бухи очень любят лазить в БП 2.0 (3.0) подправляя ошибки перед сдачей отчетности, а также вершить свои дела в "черной бухгалтерии") и нужно обеспечить свой порядок синхронизации справочников и документов (по номеру с префиксом + еще по чему-то).
Пишут, ссылаясь на стандартные методики обмена УТ 11.1 и БП (правда других версий, но суть почти схожа): "... в этом документе указано, что загрузка выписок из клиент-банка должна производиться на стороне программы УТ. Однако это не всегда приемлемо для компании. Часто выписки загружаются именно в БП и изменять порядок работы нет возможности".
Также бывает если уже начали учет и стандартная синхронизация на основе типовых правил обмена уже не подходит и вначале нужно исправить ошибку синхронизации между конфигурациями.