Проблема с остатками в УТ11.4

Проблема с остатками следующая:

Есть два склада - в Москве и СПб
Есть ООО и ИП

Т.е. на каждом из складов должен быть товар как ИП так и ООО, чтобы при реализации не образовывалось отрицательных остатков. Насколько я понял, механизм ИНТЕРКОМПАНИ в УТ не различает склады и из-за этого при создании документа продажи приходится в НСИ - Финансовый результат и контроллинг отключать контроль остатков. В противном случае провести документ не удается из-за отрицательных остатков.
Фактическое наличие товара на складе при этом соответствует остатку в УТ (но без разделения на остаток ООО и ИП).
Надо выправить эти отрицательные остатки и объяснить, как их избегать в дальнейшем.