Есть типовая обработка "Поиск и удаление дублей" для управляемых форм.
При работе обработки, если в документе установки цены есть, при замене, две одинаковые позиции, документ не проводится. Соответственно обработка не выполняет своего назначения до конца.
Необходимо доделать обработку, так что если в документе есть установка цены, то из двух одинаковых позиций, оставлять ту у которой наибольшая цена или если цена одинаковая, то удалять первую попавшуюся.