Нужно реализовать схему размещения заказа на производство, выполнения заказа по производству, списание сырья, привязка доп расходов и оприходование готовой продукции. Таким образом чтобы цепочка была прослеживаемая. Схема во вложении.
Как вариант использовать отдельную конфигурацию и настроить обмен.