Исправить обмен между базами КА2 - > КА2

Есть 2 базы КА2 на одном компе. Одна управленческая (никогда не обновлялась), вторая для сдачи отчетности (обновляется). После очередного обновления базы-приёмника, полезли ошибки. Программист поправил обмен, но в итоге после выгрузки данных по 3 из 4 организаций, выяснилось, что только по одной все ОК. По трем "поползла" номерация счет-фактур и это не сразу заметили. При повторной выгрузке данных "поверх" предыдущей, номерация исправляется, но начинаются проблемы со ставкой НДС, в результате которых НДС не попадает в регламентный учет.
Нужно наладить обмен.