При формировании файла Offers.xml с помощью обработки Обмен с сайтом количество товара должно быть указано всегда, даже если оно равно нулю.
На данный момент при отсутствии товара на складе в файле Offers.xml тэг Количество отсутствует.
Изменения нужно сделать в двух базах. В обеих базах обмен с сайтом незначительно дорабатывался.