в конфигурации УНФ начисление сдельной части заработной платы ведется через заказ наряд, при выборе способа начисления заработной платы "Сдельная оплата (% от суммы) нужно сделать так что бы зарплата расчитывалась от суммы фактически поступивших средств по заказ наряду со статусом выполнен.