Что делать? После того как несколько раз пришлось делать перепроведение документов в 1с 8.1,...

Но вначале нужно сделать резервную копию - простым копированием папки базы, выгрузка не всегда может быть корректна.
Теперь можно начинать процедуру восстановления. Что можно сделать?
1) Удалить все файлы в папке базы, кроме самого файла базы. При новом запуске служебная информация пересоздастся и будет правильной.
2) Запустить chdbfl. Утилиту, которая лежит в bin, рядом с запускаемым файлом 1С. Она протестирует физическую целостность таблиц базы.
3) Исправить метаданные конфигурации (начиная с 8.1.10) Вызывается из конфигуратора, конфигурация/проверка конфигурации, нужны две верхних галочки
4) Вызвать из конфигуратора тестирование-исправление базы. Флажки установлены по-умолчанию, для тестирования этого, обычно, достаточно.
5) Выгрузить базу в файл *.dt и потом загрузить его вновь.
6) И, если ничего не помогает, попробовать сменить версию платформы на более свежую и повторить указанные действия уже на ней. Впрочем, это может быть и первым шагом.
7) Если база открывается, но не работает, можно попытаться спасти данные, выгрузив их с помощью выгрузки или обмена в идентичную пустую базу.

Обращайтесь. Большой опыт по восстановлению баз данных.

2kitminsk: если ты энтузиаст, иди на форумы по тематике 1С и там давай свои советы. Как показывает практика, основываясь на подобных советах незнающие или начинающие только быстрее окончательно разрушат структуру базы.

В принципе, что посоветовал китминск имеет место быть. Особенно последний пункт. Мне кажется лучше всего начать именно с него, т.к. это будет 99% шанс на успех. (Если интересуют подробности - обращайтесь в личку, ICQ, Skype)
А вообще, лучше перейти на SQL, т.к. в файловом варианте есть ограничение на размер таблицы в 4гб, после превышения этого порога информация просто не будет сохраняться.