Непонятно как рассчитывается аванс за первую половину месяца. Он должен брать 40% от оклада. А он видимо берет от всех начислений.
Как то можно настроить в программе, чтобы только от оклада брал 40%, а остальные начисления не входили в расчет.
Ваше пожелание решается внешней обработкой по созданию зарплат к выплате. Если у сотрудника заполнены сведения об авансе, то он попадает в выплату. Можно сделать, что это будет процент от всех плановых или только от оклада.
Установите фиксированный аванс и пересчитывайте его при изменении оклада обработкой или вручную. Аванс начисляйте документом Зарплата к выплате - Аванс.