В УТ ставка НДС присутствует в документах поступления и реализации. В номенклатуре проставляется ставка НДС по умолчанию. Расчет НДС в общем модуле. Не так много мест, где нужно что-то менять. Можно сделать расширение конфигурации. Можно код поменять, если конфигурация уже переделанная.