в УТ 10.3 необходимо удалить все объекты помеченные на удаление. если номенклатура участвовала с докементообароте надо удалить безвозвратно. но доки чтобы остались. потом можно тиснуть. я думаю не проблема или сделать обработку чтобы удалились строки с данной номенклатурой