Есть типовая конфигурация УТ 10.3 и БП 3.0. При обмене в УТ не загружаются документы платежное поручение входящее, с типом "комиссия банка", нужно поправить.
P.S. такая проблема у нас была, есть бэкап старой базы, где это было исправлено, если так проще - можно скопировать из нее.