Номер релиза какой? Включен ли партионный учет? Используете ли планирование? В 2.0.4.3 есть глюки с расчетом себестоимости...
Судя по партнерскому форуму в расчете себестоимости, на текущий момент очень много тонкостей... здесь считает, здесь не считает...