Людмила
Или Вы хотите, чтобы система сама все делала?
Конечно! В этом же ведь и есть смысл автоматизации))). А иначе недалеко от сводок в таблицах Excel уходим).
Вариант что вы предложили (запуск некой внутренней подпрограммы 1С, меняющей дубли на "правильные" товары, с последующим удалением дублей) - выглядит рабочим, предварительно.