Вам следует создать макет нужной структуры с вашими группировками и потом вывести данные запроса по средствам этого макета в табличный документ.
Макет = Отчеты.МойСуперОтчет.ПолучитьМакет("Макет1");
Макет1 вам нужно предварительно создать в конфигураторе Описать нужные области для вывода данных, в вашем случае будут область Организация и что там ещё... Потом в цикле при обходе ваших полученных запросом данных вы получаете область из макета
ОбластьОрганизация = Макет.ПолучитьОбласть("Организация");
Заполняете данную область посредством параметров макета (Здесь в примере область макета "Организация", параметры этой области "НазвОрганизации" и "ИтогПоОрганизации" ) вашими данными из запроса
ОбластьОрганизация.Параметры.НазвОрганизации = ВыборкаИзЗапроса.НазваниеОрганизации;
ОбластьОрганизация.Параметры.ОборотПоОрганизации =
ВыборкаИзЗапроса.ИтогПоОрганизации;
и выводите в ваш табличный документ
ТабДок.Вывести(ОбластьОрганизация );
а вообще почитайте книгу "Реализация прикладных задач", там доходчиво описана методика работы с табличным документом. Спасибо