Либо как вариант, оказаться от запросов от iShop. А все запросы от iShop к 1С реализовать в виде регламентных заданий в 1с. И запускать по расписанию. Но исходя из ТЗ от всех запросов не откажешься...
Объем справочников контрагенты/ номенклатура, да и самих документов много? ВЫгоднее удаление помеч объектов запускать или думать об универсальном обмене?